ریکا ایسوروگی (چیهیرو یاماموتو)، رهبر قبیله روباه، در حال تحقیق درباره «نیلوفر سفید» است؛ فرقه‌ای مرموز که مشکوک به برنامه‌ریزی برای شورش علیه شوگون‌سالاری است. او در طول مأموریت خود با اوکیو (کانون میاهارا)، نینجایی از قبیله فوما که توسط شوگون فرستاده شده، روبرو می‌شود. مسیر زندگی آن‌ها با مواجهه با یک دشمن مشترک سهمگین یکی می‌شود: قبیله نینجاهای ایگا به رهبری هاتوری هانزو (کین کوسوگی) که کینه‌ای عمیق از خاندان توکوگاوا به دل دارد. اکنون یک نبرد سه جانبه میان قبیله روباه، نینجاهای فوما و نینجاهای ایگا در آستانه آغاز است.

دورانی که سامورایی‌ها و نینجاها در ژاپن حضور داشتند. ریکا ایسوروگی در یک قبیله نینجا و به دور از جامعه متولد و بزرگ شده است. او به زودی با میا ملاقات می‌کند؛ دختری با یک نیروی مرموز که در کوهستان گم شده است. در حالی که ریکا نگران است که کسی میا را تعقیب می‌کند، از رئیس قبیله نینجای ایسوروگی نیز اجازه می‌خواهد تا انتقام مرگ پدرش را بگیرد. به زودی ریکا با حمله گروه نگورو با خطر روبه‌رو می‌شود اما...

در ژاپن فئودالی، نینجاهای مرموز قبیله فوما با سامورایی‌های قدرتمند یاگیو وارد نبردی خونین می‌شوند. وقتی زنان برای حرم شوگون ربوده می‌شوند، دشمنی قدیمی میان این دو گروه دوباره شعله‌ور شده و جنگی پر از خیانت، قدرت و انتقام آغاز می‌شود و ...

میتسوکو، نوجوان دبیرستانی، به عنوان تنها بازمانده یک حادثه هولناک و مرموز، روز بدی را آغاز کرده است. نیروی مهارناپذیر طبیعت، یک اردوی محکوم به فنا و یک مورد عجیب فراموشی، به راحتی در یک دنیای موازی عجیب در کنار هم قرار می‌گیرند؛ جایی که میتسوکوی مستأصل همیشه در حال فرار از چیزی غیرقابل توضیح، ناملموس و کاملاً مرگبار است. با این حال، در میان توده‌های اجساد تازه، پوکه‌های داغ گلوله و جویبارهای خون، میتسوکو باید برای زنده ماندن بجنگد، پیش از آنکه روز آشفته‌اش از این هم عجیب‌تر شود. اما یک سوال باقی می‌ماند: دشمن کیست یا چیست؟

موجودی مرموز بخشی از ماه را نابود می‌کند و هشدار می‌دهد که اگر تا مارس سال آینده نابود نشود، زمین هدف بعدی او خواهد بود. او همچنین تقاضا می‌کند که به عنوان معلم کلاس E، یعنی کلاس سال سوم دبیرستان کونوگیگائوکا، مشغول به کار شود.